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- Do suspended particles matter for wastewater-based epidemiology?
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Offre de stage au Leesu en 2026 : Analyse de la dynamique microbienne et du résistome aquatique sous pression chimique de micropolluants
publié le , mis à jour le
Contexte
La dissémination de la résistance aux antimicrobiens (AMR) est aujourd’hui reconnue comme une menace majeure pour la santé publique, à l’interface des santés humaine, animale et environnementale. Les milieux aquatiques et les rejets de stations d’épuration jouent un rôle central dans cette dynamique, concentrant à la fois des communautés microbiennes diversifiées et des contaminants chimiques susceptibles de sélectionner ou de maintenir des gènes de résistance.
Les stations d’épuration reçoivent un mélange complexe de micropolluants et d’éléments microbiologiques, créant des conditions favorables au transfert horizontal de gènes de résistance (ex. co-sélection, co-résistance...).
Pour mieux comprendre ces interactions, le projet ChemBioDiv a pour objectif de suivre l’impact de mélanges de micropolluants sur la biodiversité microbienne et sur la dissémination des gènes de résistance, en combinant différentes approches analytiques : spectrométrie de masse à haute résolution pour le suivi chimique, métagénomique shotgun pour la caractérisation du microbiome et du résistome, cytométrie en flux, activité enzymatique (FDA) et paramètres physico-chimiques.
Le stage proposé s’inscrit dans ce cadre et vise à contribuer activement à l’analyse de la dynamique microbienne et du résistome sous pressions chimiques de micropolluants, en apportant un appui direct à la mise en œuvre et au suivi de ce protocole innovant au sein du Leesu.
Objectifs
- Mise en place et suivi du dispositif expérimental : contribuer à la préparation des microcosmes (eau de la Seine, dopage avec extraits de micropolluants, mise en place des témoins), assurer le suivi temporel des prélèvements et veiller au respect des bonnes pratiques de laboratoire.
- Analyses microbiologiques et chimiques : participer aux mesures réalisées sur les échantillons (spectrométrie de masse HRMS non-ciblée pour les micropolluants, extraction et préparation d’ADN pour la métagénomique, cytométrie en flux, tests FDA, paramètres physico-chimiques tels que pH et DCO).
- Organisation et valorisation des données : assurer la mise en forme et la traçabilité des données collectées, contribuer au contrôle qualité et aux premières analyses descriptives, et participer à la rédaction d’un protocole expérimental détaillé à destination de l’équipe projet.
Modalités du stage
- Durée : 6 mois, début envisagé en février ou mars 2026
- Date limite de dépôt de candidature : 30 novembre 2025
- Lieu : Laboratoire Eau, Environnement et Systèmes Urbains (LEESU), Maison des Sciences de l’environnement (MSE), Université Paris-Est Créteil (UPEC), 5 Rue Pasteur Vallery Radot, 94000 Créteil
- Rémunération : gratification selon la réglementation en vigueur
- Encadrement : My Dung Jusselme, Malek Baroudi, Ravo Ravaozafindrasoa
Profil recherché
Le stage s’adresse à un·e étudiant·e de Master 2 ou de 3e année de cycle ingénieur dans les domaines de la microbiologie, de la biologie moléculaire ou des sciences de l’environnement.
- Compétences pratiques solides en travail de laboratoire (notamment en extraction d’ADN, préparation d’échantillons et respect des règles d’hygiène et de sécurité).
- Intérêt marqué pour l’écologie microbienne, l’antibiorésistance et les interactions contaminants–microbiome.
- Rigueur, sens de l’organisation et souci de la traçabilité des données expérimentales.
- Autonomie, esprit d’initiative et capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire.
Candidature
Envoyer par mail (objet : Candidature – Stage laboratoire dynamique microbienne) un CV et une lettre de motivation à :
• thi-my-dung.jusselme[at]u-pec.fr
• malek.baroudi[at]enpc.fr
• ravo.ravaozafindrasoa[at]u-pec.fr
Date limite de candidature : 30 novembre 2025
Offre en PDF :
