Bonjour à toutes et à tous,

J’ai le plaisir de vous annoncer et de vous inviter à assister à ma soutenance d’HDR en Sciences de l’Univers et de l’Environnement, intitulée : « Écologie microbienne de l’environnement : diversité, fonctionnement, services écosystémiques et interactions avec les micropolluants ».

La soutenance se déroulera le mardi 20/01/2026 à 14 h, dans l’auditorium de la MSE (Maison des Sciences et de l’Environnement) de l’UPEC (Créteil).

Le jury sera composé de :

• Christophe DAGOT, rapporteur, professeur à l’université de Limoges,
• Françoise BINET, rapporteure, directrice de recherche, CNRS, Rennes,
• Joana SALLES, rapporteure, professeur à l’university of Groningen,
• Françoise LUCAS, examinatrice, professeur à l’université de Paris-Est Créteil,
• Emma ROCHELLE-NEWALL, examinatrice, directrice de recherche, IRD-iEES

Résumé

Les microorganismes sont au cœur du fonctionnement des écosystèmes de notre planète. Leur diversité, leurs fonctions, les interactions entre eux, et leurs interactions avec leur milieu font de l’écologie microbienne l’une des disciplines les plus polymorphes de l’Écologie. J’ai débuté ma carrière scientifique en étudiant les communautés microbiennes dans les sols pollués par les éléments traces métalliques, en lien avec les plantes et les vers de terre, dans une perspective de remédiation et de valorisation agricole. Par la suite, j’ai élargi mes recherches toujours en écologie microbienne à d’autres écosystèmes, tels que le système digestif des termites, les sols subalpins, les tourbières, et les toits végétalisés afin de mieux comprendre le rôle des microorganismes dans le fonctionnement de ces environnements. Ces recherches visaient à la fois des applications industrielles et la préservation des écosystèmes, tout en contribuant à l’amélioration de la qualité de vie. Aujourd’hui, je poursuis mes recherches en m’intéressant au fonctionnement des communautés microbiennes tout au long du cycle de l’eau en milieu urbain, depuis l’entrée jusqu’à la sortie des stations d’épuration, mais également dans les milieux récepteurs, et en milieux hospitaliers. Mes travaux portent plus particulièrement pour l’avenir sur la capacité des microorganismes à développer des mécanismes de résistance, de résilience et d’adaptation face aux pressions environnementales et anthropiques, à différentes échelles spatiales : locale ou régionale.

Au cours de ma carrière, j’ai effectué deux transitions majeures dans mes axes de recherches. La première a consisté à intégrer les concepts de l’écologie microbienne dans l’étude du fonctionnement des écosystèmes, avec une double perspective de préservation des écosystèmes naturels et d’applications pratiques. La seconde transition s’est traduite par une ouverture vers des partenaires socio-économiques et des porteurs d’enjeux, en particulier dans le domaine de la gestion du cycle de l’eau. Cette démarche de recherche-action vise à mieux prendre en compte le rôle des acteurs microbiens dans les processus épuratoires, afin de contribuer, à terme, à l’aide à la décision en matière de gestion environnementale. Par ailleurs, l’évolution rapide des méthodes d’analyse des communautés microbiennes a marqué mon parcours, passant de techniques classiques à des approches avancées comme le séquençage de nouvelles générations, nécessitant une expertise approfondie en bio-informatique.

Ce mémoire présenté pour obtenir d’Habilitation à diriger des recherches s’articulera en trois grands chapitres. Le premier chapitre explore les rôles des communautés microbiennes dans différents écosystèmes, structuré en plusieurs sous-parties, chacune correspondant à un écosystème. Il retrace également les premiers pas de mes activités et mon intérêt au regard des procédés biologiques gouvernés par les microorganismes, notamment la transformation de composés complexes par l’enzyme. Le deuxième chapitre est consacré à l’implication des microorganismes dans les procédés de traitement des eaux usées urbaines, abordée sous l’angle de l’écologie microbienne. Le troisième chapitre développe mon intérêt croissant, à court et long termes, pour la question de la résistance aux antimicrobiens.

Ce mémoire vise ainsi à illustrer l’évolution et la progression de mes travaux de recherche, en mettant en lumière des changements de perspective, mais aussi les continuités, en montrant comment les recherches antérieures nourrissent mes activités scientifiques futures.

Bien cordialement,

My Dung Jusselme